La Fundación Universidad Popular de Colima, A.C. está conformada por los siguientes órganos de gobierno:

• Una Asamblea General y el Consejo Directivo.
• La Asamblea General como órgano supremo está integrada por los asociados en sus diversas categorías.
• El Consejo Directivo integrado por el Presidente, un tesorero, secretario y tres consejeros, quienes tendrán a su cargo la representación y administración de la Fundación.
• El Presidente es el representante legal para todas las actividades que realice la Fundación.
• El Tesorero tiene a su cargo vigilar la aplicación de los recursos financieros con transparencia.
• El Director Ejecutivo es quien actuará por delegación de atribuciones del Consejo Directivo, con la responsabilidad de la organización y operación de las actividades de la Fundación.
• La Comisión de Vigilancia está integrada por un presidente y dos comisarios, quienes cuidaran el exacto cumplimiento de los acuerdos de la Asamblea General, el Consejo Directivo y el Director Jurídico.
• El Director Jurídico por su parte, es el auxiliar del Consejo Directivo que fungirá como asesor en esa materia.